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72个板蓝根油菜真核转录组测序+72个植物广泛靶向代谢组技术服务

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转录组测序技术指标： 构建普通mRNA文库，测序策略为PE150，利用illumina平台进行测序。mRNA测序数据量6G clean data，总数据量满足的前提下，每个样本数据量不低于目标数据量的95%。交付内容：项目结题报告（包括相关的质检报告），乙方收到甲方的结题确认后，为甲方提供相关数据raw data。 分析内容： 1.对原始数据进行去除接头污染序列及低质量reads的处理； 2.测序评估（质量值分布统计，测序碱基质量控制，测序数据产出统计）； 3.de novo序列组装（无参）； 4.Unigenes功能注释（无参）； 5.与参考基因组比对（有参）； 6.新基因分析（有参，除人大小鼠）； 7.基因表达定量（表达定量箱线图，表达定量密度分布图，表达定量小提琴图）； 8.样品相关性分析（至少2个样本）； 9.主成分分析（至少2个样本）； 10.差异表达基因筛选（差异基因统计柱状图，差异基因MA图，差异基因火山图）； 11.差异表达基因聚类分析（Kmeans聚类分析，聚类热图分析）； 12.差异基因韦恩图； 13.差异表达基因的功能注释及富集分析(两个或以上样品)：差异表达基因GO功能富集；差异表达基因COG分类；差异表达基因KEGG注释；差异表达基因KEGG通路富集分析； 14.Reactome（人，大小鼠）/DO（人）/DisGeNet（人）数据库富集分析； 15.融合基因分析（限人，大小鼠）； 16.转录因子分析； 17.GSEA富集分析（有参）： 18.可变剪切分析（有参）； 19.SNP和Indel分析（有参）； 20.CDS预测（无参）； 21.SSR引物标记开发（无参）； 22.WGCNA分析； 23.蛋白互作网络分析（限部分物种）； 代谢组数据产出指标： 乙方基于{AB SciexQTRAP LC-MS/MS}平台检测样本代谢物。检测的物质类型包括糖及醇类、脂质、核苷酸类、氨基酸类、维生素类、有机酸类、类黄酮、酚酸、生物碱、萜类、醌类、甾体、鞣质、木脂素、硫甙糖苷、香豆素等。检测结果物质定性交付内容为Q1、Q3，物质定性定量交付形式为Excel，结题报告为网页版本和PDF格式文件。 代谢物组分析要求： 1.代谢物定性定量分析（混样样品质谱分析总离子流图、MRM代谢物检测多峰图），总离子流图重叠图； 2.所有样本的CV值分布图； 3.总体样本主成分分析；主成分单变量统计过程控制；聚类分析；重复相关性评估； 4.分组主成分分析； 5.正交偏最小二乘法判别分析（OPLS-DA）（生物学重复≤2个无此项分析）； 6.代谢物含量差异动态分布； 7.差异代谢物筛选（差异代谢物条形图、差异代谢物雷达图、差异代谢物VIP值图、差异代谢物火山图、差异代谢物聚类热图、差异代谢物Z值图）（生物学重复≤2个：差异代谢物VIP值图形没有，差异代谢物火山图只能用FC+p值进行绘制）； 8.差异代谢物相关性分析(差异代谢物相关性热图、差异代谢物和弦图、差异代谢物相关性网络图）； 9.K-Means分析； 10.差异代谢物韦恩图； 11.差异代谢物KEGG和MetMap功能注释及富集分析（差异代谢物功能注释、差异代谢物KEGG分类、KEGG信号通路差异代谢物聚类分析、差异代谢物KEGG富集分析、KEGG代谢通路整体变化分析）。 转录组+代谢组联合分析 1.联合分析主成分分析； 2.差异代谢物与差异基因KEGG注释分析（需满足转录组与代谢组有KEGG注释信息）； 3.差异代谢物与差异基因KEGG富集分析（需满足转录组与代谢组有KEGG注释信息）； 4.差异代谢物与差异基因皮尔逊相关性分析 4.1相关性网络图 4.2相关性聚类热图 4.3九象限图； 5.CCA分析； 6.O2PLS分析

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