1

Hi-C互作数据采集和分析

4个

对4个解淀粉芽孢杆菌的组织样品进行高通量染色体构像捕获（Hi-C），采用T7测序平台（PE150模式）完成DNA互作信息采集。每个样品构建1个Hi-C文库，每个Hi-C文库测序30Gb，分辨率至少达到1 kb，然后进行如下分析： 一、基础分析： 1. 测序质量评估； 1.1 测序质量评估 1.2 数据过滤结果 2.将数据迭代比对到参考基因组并进行有效比对过滤； 3. 样本间Hi-C文库相关性分析 4.构建互作矩阵并校正； 4.1 分配到bin矩阵构建互作矩阵 4.2 分辨率统计 4.3 距离互作频率分析 二、高级分析： 1. chromosomal interaction domains (CIDs) 结构分析； 1.1 CIDs结构图（Directionality index analysis）； 1.2 CIDs数目及长度分布与统计； 1.3 CIDs的基因密度分布 1.4 CIDs GC含量分布； 1.5 CIDs的边界motif分析 1.4 CID 边界基因注释； 2. 显著互作位点分析； 3. FIRE（Frequently Interacting Regions）检测； 4. 基因组compact分析 5. 样本间差异比较； 5.1 全基因组层面比较分析 5.2 CIDs层面的比较分析 5.3 显著互作层面的比较分析 5.4 样本间compact的比较 三、个性化分析： 1. 与RNA-seq数据联合分析； 1.1 高表达基因和低表达基因在CID内的分布特征； 1.2 FIRE信号值与RNA-seq覆盖度相关性；

武汉菲沙基因信息有限公司

87800.00