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植物基因组近完成图测序分析

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服务内容 具体描述 建库 NanoporeUltralong测序：Ultralong建库 PacBio建库：构建15kb的插入片段文库 测序 Nanopore测序：测100X ，100kb超长 PacBio 测序：测序深度不低于10X，数据量不低于1个Cell。 基因组测序 1. 原始数据进行去除接头、污染序列及低质量read的处理 2. 数据产出以及数据质控（基于第1条） 3. 基因组组装 3.1 组装 3.2 GC-depth分布分析 3.3 GC含量分析 3.4 测序深度分析 3.5 常染色体区域覆盖度评估（二三代数据评估） 3.6 基因区覆盖度评估（提供转录组数） 3.7 基因组完整度评估（BUSCO、CEGMA及参考序列共线性） 4. 基因组注释（基于1和2） 4.1 Repeat注释 4.2 基因预测 4.3 基因功能注释 4.4 ncRNA注释 Hi-C 6. 原始数据进行去除接头、污染序列及低质量read的处理 7. 数据过滤及比对 8. 比对分析 9. 通过层次聚类进行scaffold聚类 10. 利用互作关系进行scaffold定序 利用互作关系进行scaffold定向 fast5数据交付 甲方邮寄硬盘

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